Relevante invloed aanlegfase
Naast het eindbeeld van de maatregelen uit het IRM in het rivierengebied zijn er ook tijdens de aanlegfase van de maatregelen gevolgen op Natura 2000-doelen te verwachten. Voor een Programma op hoofdlijnen, waar concrete maatregelen nog niet zijn uitgekristalliseerd, voert het nu te ver om hier effecten van te beoordelen. Desalniettemin kunnen wel aandachtspunten meegenomen worden waar bij de verdere uitwerking van de maatregelen rekening mee gehouden kan worden om de gevolgen voor Natura 2000-gebieden te beperken. De volgende invloeden zijn hierbij van belang.
Stikstofdepositie
Het rivierengebied is een relatief voedselrijk systeem waar stikstofdepositie een minder groot knelpunt is voor een duurzame instandhouding van habitattypen dan in andere delen van Nederland. Er zijn echter ook in het rivierengebied habitattypen van meer schrale omstandigheden die wel gevoelig zijn voor een overmaat aan stikstofdepositie, zoals stroomdalgraslanden en glanshaverhooilanden.
De inzet van materieel tijdens de uitvoering van de maatregelen is de belangrijkste tijdelijke bron van stikstofdepositie tijdens de aanlegfase. Hier tegenover staat dat er grote arealen landbouwgrond uit gebruik genomen wordt of minder intensief beheerd zal worden. Dit leidt tot een permanente afname van stikstofdepositie.
Verstoring
Geluid, licht en menselijke aanwezigheid zijn vormen van verstoring die optreden tijdens de uitvoering van de werkzaamheden en kunnen gevolgen hebben voor verstoringsgevoelige soorten als vogels. In hoeverre er sprake is van negatieve gevolgen is geheel afhankelijk van de wijze van uitvoering en de periode van uitvoering. Ook het tegelijkertijd uitvoeren van verschillende werkzaamheden in het rivierengebied kan hierbij een rol spelen, met name als alternatieve leefgebieden niet voldoende beschikbaar zijn en als soorten geen ruimte hebben om hun leefgebied tijdens de werkzaamheden tijdelijk te ontvluchten. Dit geldt bijvoorbeeld ook voor de zeeprik, rivierprik, elft en zalm die vooral in de hoofdstroom van de rivier voorkomen en hinder kunnen ondervinden bij grootschalige en tegelijkertijd uitgevoerde zandsuppleties.