Ontwikkelingen toegespitst op de Rijn
Voor de Rijntakken speelt de afvoerverdeling bij hoge rivierafvoeren een belangrijke rol. De afgesproken verdeling bij extreem hoge afvoeren (16.000 - 18.000 m3/s te Lobith), waarbij de Nederrijn-Lek wordt ontzien, kan vooralsnog worden gerealiseerd conform afspraak met de huidige regelwerken. Daarnaast speelt het vraagstuk van de topvervlakking in een internationale context. Omdat de afvoer van de Rijn in hoogwatersituaties wordt afgevlakt door lagere dijken in het Duitse grensgebied kunnen ingrepen in Duitsland (zoals dijkverhoging, rivierverruiming of aanleg van retentiegebieden) impact hebben op de hoogwaterafvoer van de Rijn. Het probleem van bodemerosie speelt met name in de Waalbochten, Midden-Waal, Pannerdensch Kanaal, Boven-IJssel en Midden-IJssel.
Bij lage rivierafvoeren speelt de ongelijke daling van de rivierbodem in het splitsingspuntengebied. De waterverdeling tussen Waal, Nederrijn-Lek en IJssel verandert door de daling bij lage afvoeren. Doordat de bodem van de Waal sneller zakt dan de bodem van het Pannerdensch Kanaal en de Boven-IJssel stroomt er meer water via de Waal ten koste van de afvoer over de IJssel en Nederrijn. Dit betekent een lagere wateraanvoer naar het IJsselmeer en het regionale watersysteem. Het lukt steeds minder om via het stuwprogramma bij Driel de afvoer die past bij een voldoende klimaatrobuuste watervoorziening van het IJsselmeer en Oost-Nederland in stand te houden. Voor de scheepvaart is deze waterverdeling op de drukbevaren Waal juist wel gunstig. Ook is de Nederrijn tegenwoordig veel langer gestuwd dan vroeger, met gevolgen voor de stroomsnelheid en waterkwaliteit. De daling van de rivierbodem is ook binnen de trajecten niet gelijkmatig. Waar in de rivier harde lagen aanwezig zijn daalt de bodem niet. De bodem eromheen daalt wel, waardoor de harde lagen drempels in de rivier worden die de bevaarbaarheid bij lage afvoer beperken. Deze drempelwerking zorgt er tevens voor dat de bevaarbaarheid ook wordt beperkt bij mediane afvoeren, doordat schepen minder diep kunnen afladen dan wanneer er geen obstakels zijn.
De Rijn is veruit de belangrijkste verkeersader voor de scheepvaart. Beperkingen voor de scheepvaart hebben gevolgen voor de transportkosten, de concurrentiepositie van Nederland en de positie van de scheepvaart in de modal split. Op diverse plekken zijn nu al problemen of worden deze verwacht als niet ingegrepen wordt. Het gaat dan om knelpunten door versmalling van de vaarweg en onderschrijding van minimale vaarwegdiepte in rivieren (vooral Rijntakken), (sluis)drempels voor de doorvaart naar de kanalen en havens (Amsterdam-Rijnkanaal, Twentekanaal, haven Deventer, vaarweg Oude IJssel), het vrij komen liggen van kabels en leidingen en de stabiliteit van oevers en kunstwerken.
De belangrijkste diepteknelpunten voor de scheepvaart op de corridor Rotterdam-Genua (Rhine- Alpinecorridor) bevinden zich op de Boven-Waal ter plaatse van een leidingenstraat bij Hulhuizen/Gendt, de bodemkribben ter hoogte van Erlecom, de vaste laag ter hoogte van Nijmegen en op de Beneden-Waal ter plaatse van Ophemert, de vaste laag Sint Andries en bij Haaften. Deze zes knelpunten zorgen samen voor meer dan 90% van de dieptebeperkingen op de corridor Rotterdam-Duitsland. Op de Nederrijn-Lek leveren lage waterstanden lokale ondiepten op bij Arnhem en Nieuwegein (Klaphek) beperkingen op voor de scheepvaart. Op de IJssel zijn er vooral diepteknelpunten voor de scheepvaart aanwezig ter plaatse van de sterk gekromde bochten in de Boven-IJssel en Midden-IJssel (Velp, De Steeg, Havikerwaard, Doesburg, Gorssel, Deventer) en de Vreugderijkerwaard bij Zwolle en ze leiden op de Boven-IJssel inmiddels regelmatig tot vaarbeperkingen, zoals het tijdelijk instellen van eenrichtingsverkeer.
Lage waterstanden hebben ook effect op de natuur en ecologische waterkwaliteit. De Nederrijn is voor het grootste deel gestuwd voor de scheepvaart en waterverdeling bij lagere afvoeren. De IJssel en Waal zijn beide vrij afstromende rivieren, waarbij de Waal nog de hoogste natuurlijke dynamiek heeft. De kwaliteit van de riviernatuur is achteruitgegaan. Verdroging heeft negatieve gevolgen voor de kwaliteit van de uiterwaardennatuur. Zo vallen door verdroging in combinatie met bodemerosie bijvoorbeeld nevengeulen droog die in het kader van de Kaderrichtlijn Water zijn aangelegd (vooral Boven-Waal en IJssel) en zakt de grondwaterstand. Hierdoor is sprake van verdroging van de nattere riviernatuur (overstromingsgraslanden, rietmoerassen).
Verzilting speelt voornamelijk op de benedenstroomse delen van de Lek ten westen van Schoonhoven (buiten het plangebied). Die grens kan door zeespiegelstijging en lagere rivierafvoeren verder naar het oosten opschuiven. Dit heeft invloed op de innamepunten waaronder die voor de drinkwatervoorziening in West-Nederland. Door lagere rivierafvoer kan ook verzilting bij de Afsluitdijk voorkomen, omdat het inkomende zoute zeewater (via de ondergrond of als gevolg van schutten) onvoldoende afgevoerd kan worden. Dit kan gevolgen hebben voor innamepunten van drinkwatervoorziening (Andijk) en wateraanvoer naar Noord-Nederland.
De sedimenthuishouding in de Rijntakken wordt beïnvloed door menselijke ingrepen. De verdieping van het zomerbed voor de verlaging van hoogwaterstanden in de Beneden-IJssel werkt als zandvang. Ook de vele diepe plassen die door de zand- en grindwinning zijn ontstaan, kunnen werken als zandvang. In de gestuwde trajecten van Nederrijn-Lek en Overijsselse Vecht zorgen de stuwen een groot deel van de tijd voor lage stroomsnelheden en beperking van het doorgaande sedimenttransport. In de uiterwaarden zien we een proces van geleidelijk opslibben, wat door de bedijking en insnoering van de rivieren is versterkt. Het hoogteverschil tussen uiterwaard en zomerbed wordt hierdoor steeds groter, waardoor de hydro- en morfodynamiek afneemt. Er vindt steeds minder uitwisseling van sediment (zand en grind) en water plaats tussen het zomerbed en de uiterwaarden.